水產原料由於鮮度很不安定，容易腐敗。又因為水產原料含有多數各種不同的微生物，從捕獲處理或加工製造到市場消費者手中，水產食品更容易污染各種不同的病原菌來影響品質與安全問題。因此，控制品質是從事水產食品生產最重要的先決條件，其主要原因為：
1.安全衛生的考量：
水產原料不僅含有各種不同微生物，同時本身就是一種良好的營養培養基；又由於水產原料本身帶有的好冷與偏性好冷細菌在冷藏狀況下仍然繼續生長，品質很難控制。加上從捕獲後，漁獲物處理、加工處理、儲藏、運輸到消費者的食用過程中，容易感染病原菌與其他的陸生微生物。因此，水產食品的中毒案件特別多。這幾年來，海洋細菌之一種腸炎弧菌已成為台灣食品中毒原因明確的案例中最高的中毒原因細菌。

2.感官美味的考量：
所謂海鮮，其可貴在於新鮮海產原有的美好風味。水產原料一旦失去生命，新陳代謝即刻停止。魚類即刻進入死後僵直、自家消化、細菌分解與化學變化中，而且快速進行。因此，喜好海鮮者容易判斷桌上生魚片的鮮度。

3.經濟價值的考量：
魚貝介類鮮度的好壞決定水產品的價值，生食用之海鮮原料，往往在死活一剎那時刻，即有一倍差距的不同價格。加工製造用的水產原料，如果鮮度不良，因無法製造品質好的產品，因此，非降低其價格不可，有時即使鮮度不良之水產原料，其價格低廉，也往往無人問津。鮮度不良之水產原料即使可製成價格低廉的產品，但由於水產原料的品質差，其水溶性蛋白質在洗滌的過程中會大量流失，而使製成率急速下降。因此，水產原料於捕獲時，如果發現有任何個別不良的個體水產物，即該拋棄，以免影響整批漁獲物的品質與經濟價值。此種現象特別是以拖網及定置網作業所捕獲的魚貝介類，因為這些捕漁法所捕獲之魚貝介類在海洋留置的時間較長所致。

4.加工條件之考量：
如上所述，水產原料的好壞影響水產製品的品質，絕大多數的水產製品需要品質良好的水產原料，才能加工製成良好的成品，因此，品質低劣的水產原料限制了加工製成品的種類。所以水產原料品質的好壞，是水產加工品的最大考慮因素之一。

5.有效利用資源與資源的維護：
水產原料品質的低劣會使水產資源之利用性降低，造成水產資源的浪費，也會加重船工處理環境衛生的大負擔。且由於鮮度的不良，會產生衛生安全問題外，還會降低加工品的品質與製品率（步留）。因此，如何提高水產原料的品質，當是水產資源有效利用之一個重要的課題。尤其在水產資源逐漸萎縮的現況下，更顯示此問題之重要性。為有效利用水產資源和維護水產資源，其最簡單的方法，就是盡量減少低劣漁獲物的形成。或則在捕獲時，有品質低劣者，應該即刻遺棄拋入水中，不應混入品質良好的水產漁獲物中。

1.選別：
漁獲後應先進行選別，剔除有毒和含有害人體物質及不適食用之魚貨，以免混入可食魚貨危及人體健康。

2.防止污染：
所謂污染物，係指物質存在於不應該存在地方，如黃油原本在機械中為潤滑劑，但在食品上即為食品污染物，而防止細菌污染可說是漁業衛生管理上之重點。
細菌是食品劣度與引發食品中毒的主因。雖然在大自然中細菌是無所不在，而在正常狀態下魚體表面、鰓、腸胃道雖存有細菌，但在肉中實為無菌狀態，魚肉若不為細菌污染則可確保魚體鮮度。因魚貝類所受細菌污染大多來自周遭環境，因此在防治上應注意在食用前每一階段的環境衛生及避免魚體受損。這樣方能確保魚體鮮度，至於重金屬污染則是因生態環境遭受某些特定因素如污染源之產生，再加上生物濃縮、累積而達到足以危害人體健康，因此，此種遭污染的魚只要能找出污染源，並加以消除，即可使魚類的污染消失，但污染水域之生物體則仍不可食用。

3.溫度管理-低溫冷（凍）藏：
溫度是所有化學反應之能量指示，通常每升高攝氏10度反應速率即可提高一倍，魚體死後體內酵素並未失去活性，因此仍有代謝反應發生，而這些反應使得魚體發生自家消化，使體內大分子分解為小分子後，才被細菌利用，此外，提高溫度亦會促使體內分子間作用及細菌生長。因此漁獲物載運送及販賣過程中應儘可能保持低溫。

4.迅速：
時間亦是化學反應與細菌生長的重要因素之一，若能縮短處理作業時間則，可減少污染及劣變發生。